| 1 | M. Pasini (ITA) | Aprilia | 1:43.111 | 10 | |
| 2 | B. Smith (GBR) | Honda | 1:43.569 | 15 | |
| 3 | T. Koyama (JPN) | KTM | 1:43.664 | 15 | |
| 4 | H. Faubel (ESP) | Aprilia | 1:43.745 | 14 | |
| 5 | L. Pesek (CZE) | Derbi | 1:43.773 | 11 | |
| 6 | S. Gadea (ESP) | Aprilia | 1:43.774 | 15 | |
| 7 | A. Iannone (ITA) | Aprilia WTR | 1:43.999 | 14 | |
| 8 | G. Talmacsi (HUN) | Aprilia | 1:44.191 | 13 | |
| 8 | M. Ranseder (AUT) | Honda | 1:44.191 | 15 | |
| 10 | M. Di Meglio (FRA) | Honda | 1:44.192 | 13 | |
| 11 | A. Masbou (FRA) | Honda | 1:44.267 | 15 | |
| 12 | R. De Rosa (ITA) | Aprilia | 1:44.305 | 13 | |
| 13 | S. Corsi (ITA) | Aprilia | 1:44.518 | 14 | |
| 14 | S. Cortese (DEU) | Aprilia Emmi | 1:44.558 | 15 | |
| 15 | R. Krummenacher (CHE) | KTM | 1:44.668 | 12 |